Vo filme má Alica 19 rokov a vracia sa do Podzeme, na miesto, ktoré predtým navštívila pred trinástimi rokmi. Dozvie sa, že je jediná, ktorá môže zabiť Jabberwocka, draka, ktorého ovláda Červená kráľovná a terorizuje ním obyvateľov Podzeme. Burton povedal, že pôvodný príbeh o Krajine zázrakov bol stále o dievčati, ktorá prechádza od jednej divnej postavy k druhej a nikdy necítil citové prepojenie, tak to chcel spraviť viac ako príbeh než ako sled príbehov.